ヤエヤマイシガメは八重山諸島の湿原、水田などに生息しており、基本的に夜行性の亀ですが、雨の日などで気温の高いときは昼間でも活動することがあります(写真はまさに日中です)。雑食性で魚、虫、植物の葉っぱ、果実など何でも食べます。ただ近年の環境破壊やペット用の乱獲などで数を急激に減らしており天然記念物にも指定されると近年噂されている亀になります。環境省のレッドデータブックでは絶滅危惧種Ⅱ類に指定されている亀になります。